在海军基地的废滩区找“宝石工匠”可对宝石进行合成、炼成等操作。
同级别同种宝石每3颗可以合成为1颗更高级的同类宝石，同级别3颗不同种类的宝石可以可以随机合成为1颗同级别的其它宝石。
目前宝石等级只开放到10级。

当宝石达到等级6以上时，可以使用道具“打磨石”对宝石进行打磨。（打磨石可以在神秘商店进行购买）
打磨后，宝石上随机附带一个技能。
目前打磨后所出现的随机技能有7种，分别是：
昏迷抵抗：被动增加自身昏迷抗性
睡眠抵抗：被动增加自身睡眠抗性
混乱抵抗：被动增加自身混乱抗性
正义雷破：每回合结束时，有几率触发一次无视护甲的雷击伤害（随机目标）
原地重生：在被杀死后，有几率满血原地复活（触发几率与次数根技能等级的高低有关）
反射装甲：每次被攻击时，反弹给攻击者固定的伤害
毒性中和：每回合结束时，有几率随机为自己或一名队友进行一次解毒

对已经附带技能的宝石再次进行打磨，可以对技能进行重新随机。
当不同的宝石带有相同的技能时，镶嵌后以等级较高的技能为准。
已经镶嵌在装备上的宝石，可以通过消费一定量银币取回。
宝石还原，再合成更高级的宝石的时候，如果宝石带有技能，是无法合成的，所以需要将宝石还原成未经打磨的状态，可以找宝石工匠还原。